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Proteins That Can Interact with Rel/NF-kB/IkB Signaling Proteins

PROTEIN	INTERACTING PARTNER(S)	REFERENCE
Heat shock protein	v-Rel; RelA; IKK	Lim et al, 1990 ; Guzhova et al, 1997; Hinz et al, 2007
Unknown 200 kDa	v-Rel	Morrison et al, 1989
Sp1	v-Rel, c-Rel, RelA	Sif & Gilmore, 1994; Perkins et al, 1993; Majello et al 1994
TBP	v-Rel, c-Rel, RelA, Dorsal	Xu et al, 1993; Kerr et al, 1993; Norris & Manley, 1992; Schmitz et al, 1995
TFIIB	v-Rel, RelA	Xu et al, 1993; Schmitz et al, 1995 : Xia et al, 2004
p300	RelA, c-Rel	Perkins et al, 1997; Yu et al, 2004
AO7	RelA	Asamitsu et al, 2003
HDACs	RelA, p50, IkBa	Ashburner et al, 2001; Chen et al, 2001; Viatour et al, 2003
TAFII105	RelA	Yamit-Hezi et al, 2000
Centrosomal P4.1-associated protein	RelA	Koyanagi et al, 2005
Trip6	v-Rel, RelA	Koedood Zhao et al, 1999; Kassel et al, 2004
NFATc	c-Rel	Pham et al, 2005
Bcl-2	p50	Hour et al, 2000
CREB	p50	He & Weber, 2004
DLC-1	IkBa	Crepieux et al, 1997
ESE-1	p50	Rudders et al, 2001
HMGI(Y)	p50,RelA	Thanos & Maniatis, 1992; Du et al, 1993
Importin alpha isoforms	p50,RelA,p52, c-Rel, RelB	Fagerlund et al, 2005; 2008
Nucleophosmin	p50,RelA	Dhar et al, 2004
HMGA2	p50	Noro et al, 2003
HMGB1	p50	Agresti et al, 2003
Menin	p50, p52, RelA	Heppner et al, 2001
Steroid Receptor Coactivator-1 (SRC-1)	p50	Na et al, 1998
TLS	RelA	Uranishi et al, 2001
EPRAP	p105	Minami et al, 2008
Gas6	p105	Demarchi et al, 2001
G protein-coupled receptor kinase 5	p105	Parameswaran et al, 2006
IKKepsilon	p52	Wietek et al, 2006
Retinoid X Receptor	IkBbeta, p50, RelA, Bcl-3	Na et al, 1998 , 1999
ASPP	RelA	Sullivan & Lu, 2007
Daxx	RelA	Park et al, 2007
Dynein motor complex	RelA	Mikenberg et al, 2007
FAD24	RelA	Johmura et al, 2008
p28(GANK)	RelA	Chen et al, 2007
LZAP	RelA	Wang et al, 2007
MYBBP1a	RelA	Owen et al, 2006
PDLIM2	RelA	Tanaka et al, 2007
SIMPL	RelA	Kwon et al, 2004
TTF-1	RelA	Islam & Mendelson, 2002
CHFR	RelA	Kashima et al, 2009
Glucocorticoid Receptor	RelA	Ray & Prefontaine, 1994; Sheinman et al, 1995
Androgen Receptor	RelA, c-Rel	Palvimo et al, 1996; Mukhopadhyay et al, 2006
Progesterone Receptor	RelA	Kalkhoven et al, 1996
Estrogen Receptor	c-Rel, RelA	Galien & Garcia, 1997; Kalaitzidis & Gilmore, 2005; Feldman et al, 2007; Quaedackers et al, 2007
AH Receptor	RelA, p50, RelB	Tian et al, 1999; Vogel et al, 2007
ASC-1	RelA, p50	Jung et al, 2001
CDX2	RelA, p50	Mutoh et al, 2007
ETS, PU.1, ELF-1	RelA, p50	Bassuk et al, 1997
GILZ	RelA, p50	Riccardi et al, 2001; Marco et al, 2006
LSF (SEF)	RelA, p50	Bing et al, 2000
Notch1	RelA, p50, IKKa	Wang et al, 2001; Guan et al, 1996; Song et al, 2008
NFBP	RelA, p50	Sweet et al, 2003
PARP-1	RelA, p50	Hassa et al, 2001; Kitamura et al, 2005
SMRT	RelA, p50	Lee et al, 2000
UXT	RelA, p50, c-Rel	Sun et al, 2007
LYL1	p105	Ferrier et al, 1999
ZUD	p105, RelA	Zhang et al, 2004
p53	IkBa, RelA	Chang, 2002 ; Zhou et al, 2003; Jeong et al, 2004; Dreyfus et al, 2005
p73	IKKa	Furuya et al, 2007
Huntingtin	IkBa, RelA	Goswami et al, 2006
HOXB7	IkBa	Chariot et al, 1999
Beta TrCP	IkBa	Kroll et al, 1999
Beta Arrestin2	IkBa, p105	Gao et al, 2004; Parmameswaran et al, 2006
RASGAPSH3BP2	IkBa	Prigent et al, 2000
ANT	IkBa	Bottero et al, 2001
CDK4	IkBa	Li et al, 2003
Calpain 3	IkBa	Marcilhac et al, 2006
Dynein light chain LC8	IkBa	Jung et al, 2008
Fibronectin	phospho-IkBa	Olson et al, 2008
HnRNPA1	IkBa	Hay et al, 2000
c-Abl	IkBa	Kawai et al, 2002
MIG-6	IkBa	Tsunoda et al, 2002; Mabuchi et al, 2005
HDACs, nuclear co-repressors	IkBa	Aguilera et al, 2004
HDAC3	IkBa	Gao et al, 2005
Nrpo (Swine fever virus)	IkBa	Doceul et al, 2008
Bcl10	Bcl-3; IKKb	Yeh et al, 2005; Wegener et al, 2006
LCK	Bcl-3	Zhao et al, 2005
Cot/Tpl2	c-Rel, p50/p105, p52/p100, RelA	Bouwmeester et al, 2004
ABIN2	c-Rel, RelA, p105	Bouwmeester et al, 2004; Lang et al, 2004
PAPOLA	c-Rel	Bouwmeester et al, 2004
IQGAP2	IkBb, RelA	Bouwmeester et al, 2004
CDK9	p50, RelA	Amini et al, 2002
PKA	IkBa, IkBbeta , p50	Zhong et al, 1997; Guan et al, 2005
Proteasome	p100delta C-term	Qing et al, 2007
Erbin	c-Rel	Ress & Moelling, 2006
JNK1	c-Rel	Meyer et al, 1996
NIK	c-Rel	Fresno et al, 2006
PKA-Cbeta	c-Rel	Yu et al, 2004
S9	p100	Fong et al, 2002
Actin	RelA	Fazal et al, 2007
Alpha-actinin-4	RelA	Babakov et al, 2008
RAI	RelA	Yang et al, 1999
NRF	RelA	Nourbakhsh & Hauser, 1999
nAKAP95	RelA	Bouwmeester et al, 2004
53BP2	RelA	Yang et al, 1999
PPAR-a, b, d	RelA	Delerive et al, 1999; Planavila et al, 2005
MOZ	RelA	Chan et al, 2007
AES	RelA	Tetsuka et al, 2000
COMMD1	RelA	Burstein et al, 2005; de Bie et al, 2006
DEK	RelA	Sammons et al, 2006
gankyrin	RelA	Higashitsuji et al, 2007
PML	RelA	Wu et al, 2003
Egr-1	RelA	Lee et al, 2005
Egr -3, Egr-4	RelA, p50	Wieland et al, 2005
FBI-1	RelA	Chapman & Perkins, 2000
OCT1	RelA	van Heel et al, 2002; dela Paz et al, 2007
X11L	RelA	Tomita et al, 2000
HEXIM1	RelA	Ouchida et al, 2003
ING4	RelA	Garkavtsev et al, 2004
Casein kinase II	RelA	Wang et al, 2000
c-Src	RelA	Bijli et al, 2006
p38-MAPK	RelA	Rajaiya et al, 2007; von Brandenstein et al, 2008
PIAS1	RelA	Liu et al, 2005
PKC-zeta	RelA	Leitges et al, 2001
Ribosomal protein S3	RelA	Wan et al, 2007
RIP140	RelA	Zschiedrich et al, 2008
RNA Helicase A	RelA	Tetsuka et al, 2004
TAD binding proteins	RelA	Owen et al, 2005
T-box transcription factor	RelA	Hwang et al, 2005
VP1686 (Vibrio)	RelA	Bhattacharjee et al, 2006
PKR	IKK	Bonnet et al, 2000 ; 2006
Protein Phosphatase 2Cb	IKK complex	Prajapati et al, 2003
Protein Phosphatase X	c-Rel	Hu et al, 1998
Protein Phosphatase 2A	RelA; IKK, NF-kB; NEMO	Yang et al, 2001; Li et al, 2006; Hong et al, 2007
E2F1	p50, RelA	Kundu et al, 1997; Lim et al, 2007
Myc	RelA	Chapman et al, 2002
SF-1	NF-kB	Hong et al, 2003
p21 (recombinant)	NF-kB	Khanna et al, 2005
P47phox	RelA	Gu et al, 2003
BRCA1	RelA	Benezra et al, 2003
Telomerase	RelA	Akiyama et al, 2003
Replication Factor C	RelA	Anderson & Perkins, 2003
Beta-catenin	RelA	Deng et al, 2002
14-3-3 proteins	RelA, IkBa	Aguilera et al, 2006; Matta et al, 2008
Karyopherin alpha	RelA	Cunningham et al, 2003
SIRT1	RelA	Yeung et al, 2004
Sir2	RelA	Yang et al, 2004
REPS2	RelA	Penninkhof et al, 2004
ELKS	IKKa, IKKb, IKKg	Ducut Sigala et al, 2004
ENaC	IKKb	Lebowitz et al, 2004
NIBP	IKKb, NIK	Hu et al, 2005
HCV Core protein	IKKb	Joo et al, 2005
ABIN-1	NEMO	Mauro et al, 2006
Bcl-10	NEMO	Wu & Ashwell, 2008
CARMA1 and 3	NEMO	Stilo et al, 2004
CIKS	NEMO	Mauro et al, 2003
HIF2alpha	NEMO	Bracken et al, 2005
PIDD	NEMO (and RIP-1)	Janssens et al, 2005
RIP-1	NEMO	Wu et al, 2006
c-Src	NEMO	Funakoshi-Tago et al, 2005
TANK	NEMO	Chariot et al, 2002
TRAF1,2	NEMO	Devin et al, 2001
Lys-63 ubiquitin	NEMO	Wu et al, 2006
ZNF216	NEMO	Huang et al, 2004
TFG	NEMO, TANK	Miranda et al, 2006
vIRF3 (KSHV)	IKKbeta	Seo et al, 2004
AKT	IKKbeta; RelA	Vandermoere et al, 2006; Lam et al, 2007; Kwon et al, 2007
Fas-Associated Factor-1	IKKbeta	Park et al, 2007
alpha-catulin	IKKbeta	Wiesner et al, 2007
MUC1	IKKbeta; NEMO	Ahmad et al, 2007
mTOR	IKK complex	A Baldwin, personal communication
cdc37	IKK complex	Hinz et al, 2007
CUEDC2	IKKa, IKKb	Li et al, 2008
Heat Shock Protein 27	IKKa, IKKb	Park et al, 2003; Kammanadiminti & Chadee, 2006
Hematopoietic kinase 1	IKK complex	Brenner et al, 2005
Tgat (Rho guanine exchange factor)	IKK complex	Yamada et al, 2007
STAP-2	IKKa/b	Sekine et al, 2006
TNAP	NIK, Traf2, Traf3	Hu et al, 2004
c-Jun	p50, RelA, IkBa, IkBb, NEMO	Stein et al, 1993; Kaszubuska et al, 1993 ; Cooper et al, 2005; Shifera et al, 2007
JunD	p50-RelA	Toualbi-Abed et al, 2008
c-Fos	RelA,NEMO	Stein et al, 1993; Shifera et al, 2007
C/EBPalpha	p50	Paz-Priel et al, 2005
C/EBPbeta	p50, RelA,c-Rel	Stein et al, 1993; LeClair et al, 1992 ; Zwergal et al, 2006; Cha-Molstad et al, 2007
GABPbeta	RelA	Bruder et al, 1993
ATFa, ATF2, ATF3	p50, RelA	Kaszubuska et al, 1993
YY1	RelB	Sepulveda et al, 2004
Elf-1	p50	John et al, 1995
HBXAP	p50, RelA	Huang et al, 2004
Nucleophosmin/B23	p50, RelA	Lin et al, 2006
KPNA3	p50/p105, RelA	Bouwmeester et al, 2004
IRF-1	p50, RelA	Drew et al, 1995; Sgarbanti et al, 2008
IRF-2	p50	Drew et al, 1995
IRF-8	c-Rel	Liu & Ma, 2006
CDX2	RelA	Kim et al, 2004
Stat1 (aceytlated)	RelA	Kramer et al, 2006
Stat3	RelA	Yu et al, 2002 ; Yu & Kone, 2004; Yang et al, 2007
Stat6	RelA, p50	Shen & Stavnezer, 1998
SRF	RelA	Franzoso et al, 1996
Twist	Dorsal	Jiang & Levine, 1993
Twist 1,2	RelA	Sosic et al, 2003
Pin1	RelA, c-Rel	Fan et al, 2009
Calmodulin	c-Rel	Antonsson et al, 2003; Khan et al, 2005
Cdk2/cyclinE	c-Rel	Chen & Li, 1998
Myotrophin/V-1	c-Rel, RelA, p50	Knuefermann et al, 2002
Snail	Dorsal
DSP-1	Dorsal, p50	Lehming et al, 1994
Tax	p50	Suzuki et al, 1993
	RelA	Suzuki et al, 1994
	c-Rel	Suzuki et al, 1994
	IkBa	Hirai et al, 1994; Petropoulos & Hiscott, 1998
	p100	B�raud et al, 1994; Lanoix et al, 1994; Murakami et al, 1995; Xiao et al, 2001
	p105	Hirai et al, 1992
	IKK-Tak1	Wu & Sun, 2007; Chu et al, 1998
	NEMO	Chu et al, 1999; Harhaj & Sun, 1999; Xiao et al, 2000
BZLF1 (EBV)	RelA	Gutsch et al, 1994
HIV-1 Resistance Factor	p50	Lesner et al, 2005
HHV-8 vFLIP	NEMO	Liu et al, 2002; Field et al, 2003
HHV-8 K13 protein	IKK complex	Matta et al, 2007
Adenovirus E3-14.7K	NEMO, p50	Li et al, 1999 ; Carmondy et al, 2006
HBV X protein	IkBa	Weil et al, 1999
HCV NS5B	IKKa	Choi et al, 2006
Torque Teno Virus ORF2	IKKa, IKKb	Zheng et al, 2007
M protein (SARS-Coronavirus)	IKKb	Fang et al, 2007
Microplitis demolitor bracovirus H4, N5	Dif, Relish	Thoetkiattikul et al, 2005

Rual et al (2005) have used a high-throughput yeast two-hybrid screen to identify many interacting partners for the following NF-kB signaling proteins:

IKKgamma(NEMO): NEMO, PPM1B, TANK, RIPK, MAP3K14, TNFRSF1A, HSPCA, COPS3, HSPA1A, ZA2OD2, TRPC4AP, C6ORF4, TAB3, UBB, RNF11

RelA: STAT3, NR3C1 (glucocorticoid receptor), HIS1, PML, IkBbeta, HDAC3, HDAC1, beta-TRCP, POU2F1, PRKCzeta, PIAS3, IRF2, ITGB3BP, RNF25, KPNA2, ETHE1, PPP4C, FOS, TLE1, CAMkinase4, ING4, MEN1, TRIP4, PPARA

IkBalpha: G3BP2, S6 kinase, p53, BTRC, K-alpha-1, RTN4, TUBA2, CAPN1, FBXW11, ARRB1, RAB6IP2, ARRB1, RAB6IP2, POM121

Feldman et al, 2007 used co-precipitation/mass spec analysis to identify several proteins on the NF-kB DNA complex (although in many cases a direct interaction was not verified). These proteins include the following: ADP-ribosyltransferase (NAD+; poly(ADP-ribose) polymerase); U5 snRNP-specific protein, 116 kDa; Similar to heterogeneous nuclear ribonucleoprotein U (scaffold attachment factor A); Splicing factor 3B subunit 3 (spliceosome-associated protein 130) (SF3b130) (pre-mRNA splicing factor SF3b 130 kDa subunit); RNA helicase A; Unnamed protein product; Splicing factor proline/glutamine rich (polypyrimidine tract-binding protein associated) PTB-associated splicing factor; Actinin, alpha 4; Human DNA topoisomerase I (70 kDa) in noncovalent complex with a 22-base pair DNA duplex; KIAA0432; Thyroid autoantigen 70 kDa (Ku antigen); thyroid autoantigen 70 kDa (Ku antigen); ATP-dependent DNA helicase II; PARP-1; Similar to nucleolin (protein C23); Hsp89-alpha-delta-N; Chaperone protein HSP90 beta; DEAD/H (Asp-Glu-Ala-Asp/His) box polypeptide 17 isoform 1; Structure-specific recognition protein 1; Interferon-inducible IFI 16; Similar to splicing factor proline/glutamine rich; Ras-GAP SH3 binding protein; Unknown (protein for IMAGE:3503708); Coronin, actin binding protein, 1C; coronin, actin-binding protein, 1C; Proliferation-associated 2G4; Neural precursor cell expressed; Beta actin; B23 nucleophosmin; Replication factor C; Ribosomal protein, large, P0